De siste ti årene har forskning vært et prioritert område på Haraldsplass diakonale sykehus, og sykehuset har etablert forskningsgrupper innen geriatri og demens, knelidelser, autoimmune leversykdommer og lipødem. I tillegg er forskningsaktiviteten voksende innen gastrokirurgi og indremedisinske spesialiteter som kardiologi, gastromedisin og hematologi.